保税物流使物流要素显著扩大,一般的物流基本要素包括采购、运输、仓储、配送、信息服务等,而保税物流除了具有这些基本物流要素之外,还包括了海关监管、口岸、保税、报关、报检、退税等多个关键要素,如此长的物流链很难保证物流管理服务完全到位。保税物流是加工贸易企业供应物流的末端,是销售物流的始端,其运作效率直接关系到企业正常生产与供应链正常运作。

保税物流成本偏高
配送中心、集散中心选择在装运港附近，一般存在租金高、满载率低及配送距离不经济的缺点。
保税物流信息化水平低
保税物流需要加强信息化建设,特别是“电子口岸”技术的推广应用。“电子口岸”启动以来,较好地适应了我国进出口贸易和保税物流的需要,产生了重大的经济效益,但现代信息技术在保税物流中的广泛应用还很不够。随着国际经济一体化的快速发展和物流市场的快速变化,需要加强现代信息技术在保税物流管理中的应用。
未来的保税物流在监管方式上将更加灵活、高效,在功能服务上将逐步与国际接轨,以适应我国开放型经济快速发展对保税物流发展的需求。